El IDEHESI está conformado por tres nodos ubicados en distintas zonas geográficas:
Instituto de Investigaciones de Historia Económica y Social (IIHES), de la Facultad de Ciencias Económicas de la Universidad de Buenos Aires.
Instituto de Historia de la Facultad de Derecho y Ciencias Sociales de la Pontificia Universidad Católica Argentina, sede Rosario.
Instituto Multidisciplinario de Estudios Sociales Contemporáneos (IMESC), de la Universidad Nacional de Cuyo, Mendoza